Mutasi dapat terjadi baik secara spontan ataupun rangsangan dari luar. Mutasi spontan terjadi karena kesalahan acak dalam proses replikasi atau saat pembelahan sel. Penyebab mutasi yang terjadi secara spontan mialnya kesalahan mitosis dan meiosis, saat sitokinesis sel tidak terbagi menjadi dua sel baru sehingga kromosom yang telah digandakan tetap berada dalam satu sel. Contoh lain adalah rekombinasi yaitu perubahan akibat masuknya gen-gen atau segmen DNA dari molekul DNA (kromosm) lain ke dalam suatu molekul DNA.
Mutasi yang terjadi akibat tangsangan dari luar bisa bersifat alami maupun buatan. Mutasi yang bersifat alami terjadi secara kebetulan di alam dan biasanya jarang terjadi . contoh mutagen alam adalah sinar kosmis, radiokaktif alam, sinar ultraviolet.
Mutasi buatan yaitu mutasi yang terjadi karena campur tangan manusia. Mutasi buatan ini banyak dilakukan terhadap tanaman misalnya tomat, anggur, jambu dan sebagainya. Dipandang dari sudut manusia mutasi buatan ini sangat menguntungkan karena dapat memberikan hasil produksi yang cukup tinggi. Melalui mutasi buatan ini buah yang dihasilkan besar-besar dan tidak memiliki biji. Tamanan ini umumnya menjadi poliploid yaitu kromosom bertambah banyak akan tetapi dipandang dari segi tumbuhan itu sendiri , mutasi buatan yang menyebabkan polipoidi umumnya gagal. Untuk menyebabkan tanaman menjadi poliploid harus dilakukan pembibitan secara terus menerus. Pada sayuran mutasi buatan ini biasa dilakukan pada tanaman kubis(kol).